Mette Bouhuijs studeerde in 1977 af aan de Toneelschool Amsterdam als regisseur. Ze begon haar loopbaan bij De scholengroep van Toneelgroep Centrum. In 1980 ontving ze voor haar producties bij dit kleine gezelschap de Albert van Dalsumprijs. Tegelijkertijd begon haar carrière bij Toneelgroep Centrum met nieuwe, niet eerder gespeelde stukken van Nederlandse auteurs zoals Ton Vorstenbosch, Guus Vleugel en Paul Haenen. Op uitnodiging van de VPRO volgde Mette een cursus film en televisie maken, waarna een aantal stukken van Centrum verfilmd werd.
In de rotonde van de Stadsschouwburg ontstond op haar initiatief een nieuwe traditie, eenakters van één auteur, gedurende een heel seizoen. Mette Bouhuijs regisseerde 6 eenakters van Harold Pinter, die met zijn toestemming alle door haar verfilmd zijn.

Tientallen producties volgden bij Het Nederlands Toneel Gent, het Ro theater en bij vrije producenten zoals ‘De Stille Kracht’ van Ton Vorstenbosch naar de roman van Louis Couperus, een stuk over het leven van Annie Schmidt en natuurlijk Wilhelmina: Je Maintiendrai met Anne-Wil Blankers in de legendarische titelrol. Dit seizoen was Mette verantwoordelijk voor de regie van het succesvolle stuk Liefdesbrieven met Anne-Wil Blankers en Paul van Vliet.

Diverse projecten en lessen op de Amsterdamse Toneelschool. Bovendien een aantal films en televisieseries in opdracht van de VPRO en de NPS. Voor de VPRO regisseerde Mette de jeugdseries Hubertien en Willemien en de droeve komedie Loenatik waarvoor ze twee maal de Cine Kid award ontving.